В 1931 году французский генерал медицинской службы Джорж Сант-Пол основал в Париже организацию «Ассоциация Женевских зон», которая впоследствии была преобразована в Международную организацию гражданской обороны. Под понятием «Женевские зоны» имелись в виду нейтральные зоны или открытые города, в которых в военное время могли бы найти убежище некоторые категории гражданского населения (женщины, дети, больные и пожилые люди).

Идея основателя «Женевских зон» заключалась в создании во всех странах хорошо обозначенных безопасных зон или районов на постоянной основе и признанных таковыми еще в мирное время двусторонними или многосторонними соглашениями.

В военных конфликтах 1936-37 года были созданы нейтральные зоны для некоторых категорий населения: в период Гражданской войны в Испании (Мадрид и Бильбао1936 год) и во время конфликта между Японией и Китаем (Шанхай и Нанкин 1937 год). Несмотря на то, что этот опыт оказался относительно небольшим, была продемонстрирована реальность существования безопасных зон для мирного населения.

В период Второй Мировой войны ни одна из воевавших сторон не согласилась признать безопасные зоны в интересах другой стороны.

В 1949 г. состоялась Женевская дипломатическая конференция, на которой были пересмотрены первые три Женевские конвенции и принята четвертая, касавшаяся защиты гражданского населения в период войны.

Две наклонные красные полосы на белом фоне являлись эмблемой "Женевских зон" и присутствовали на эмблеме Международной организации гражданской обороны до 1998 года.

Сегодня отличительной международной эмблемой гражданской обороны является голубой равносторонний треугольник на оранжевом поле. Он предназначен для обозначения персонала и объектов гражданской обороны, которые находятся под защитой Дополнительного протокола к Женевским конвенциям 1949 года, касающимся защиты жертв международных вооруженных конфликтов.

В 1954 году в Берлине прошла Международная конференция по защите гражданского населения в военное время путем создания и признания нейтральных зон и открытых городов («Первая Всемирная конференция по гражданской обороне»). Вторая международная конференция по гражданской обороне состоялась в 1957 году во Флоренции.

В январе 1958 года Международная ассоциация Женевских зон (неправительственная организация) была преобразована в Международную организацию гражданской обороны (далее  - Организация, МОГО) с новым статусом, позволяющим принимать в члены правительства, общества, ассоциации, отдельных лиц.

Устав вступил в силу 1 марта 1972 года по решению Первой Генеральной Ассамблеи стран-членов Организации. 10 марта 1976 года между МОГО и правительством Швейцарии было подписано соглашение о предоставлении МОГО юридического статуса международной организации.

География деятельности организации чрезвычайно широка - сегодня флаг МОГО развивается в Сербии и Никарагуа, в КНДР и на Кубе, в Киргизии, Афганистане, Ливане, а также в Гвинее, Тувалу и Ливии.

Резолюцией от 18 декабря 1990 года Генеральной Ассамблеи Международной Организации Гражданской Обороны постановила ежегодно отмечать 1 марта Всемирный день гражданской обороны.

Российская Федерация с 6 мая 1993 года является членом МОГО. Представлять Россию в этой международной организации, Правительством Российской Федерации поручено Министерству Российской Федерации по делам гражданской обороны, чрезвычайным ситуациям и ликвидации последствий стихийных бедствий.

Российская Федерация в лице МЧС России активно участвует в международной деятельности МОГО. Оценка положения дел в области сотрудничества МЧС России с этой организацией позволяет подтвердить необходимость укрепления отношений Российской Федерации с МОГО.

Первый Министр Российской Федерации по делам гражданском обороны, чрезвычайным ситуациям и ликвидации последствий стихийных бедствий С.К. Шойгу в период с 1995 по 1997 годы избирался председателем Генеральной Ассамблеи МОГО.

С 2012 года по июль 2013 года заместителем Генерального секретаря МОГО являлся представитель России Кувшинов Владимир Валентинович.                  В ходе 46-й сессии Исполнительного Совета МОГО по итогам открытого голосования было принято решение о назначении его исполняющим обязанности Генерального секретаря организации, что явилось началом перехода на новый уровень сотрудничества с МОГО.

24 апреля 2014 года Кувшинов Владимир Валентинович назначен Генеральным секретарем организации.

С 18-го октября 2018 года исполняющим обязанности Генерального секретаря МОГО назначен полковник Белькасем Элькетрусси.

В настоящее время членами Организации являются 59 государств-членов и 16 государств-наблюдателей.